Управление экосистемами и, в частности, водными - задача архисложная ввиду множества факторов, влияющих на них. Тем не менее есть несколько общих подходов к регулированию процессов, происходящих в них. Так, первоначально следует таким образом трансформировать некоторые звенья экосистемы, чтобы она была в максимальной степени саморегулирующейся. Но и в этом случае биоценозу все равно будут требоваться некоторые воздействия для поддержания его в равновесном состоянии. Например, сад или газон, если за ними не ухаживать: не подстригать, не обрезать ветки, не удобрять и т. д., примут неприглядный вид. Так же обстоит дело и с водоемами. Главными проблемами в условиях антропогенного воздействия являются «цветение» воды, вызываемое чрезмерным развитием одноклеточных водорослей и развитие нитевидных водорослей. Последние обитают на дне водоемов, а после отмирания всплывают, образуя неприятного вида скопления. «Цветение» делает воду зеленой или сине-зеленой, уменьшает ее прозрачность до 10-30 см., иногда появляется неприятный запах. Все это ухудшает эстетическое восприятие водоема. Проблема «цветения» и развития нитчатки в водоемах Москвы и Подмосковья достигла в последние годы огромных размеров вследствие «эвтрофикации», то есть загрязнения их органическими веществами различного происхождения.

Существует два основных экологически корректных метода борьбы с водорослями: лишить их пищи или подсадить в водоем животных, которые питаются ими и регулируют таким образом их численность. Как известно, все зеленые растения, и водоросли в частности, должны получать для роста солнечный свет и биогенные элементы: азот, фосфор, углерод и др.. Лишить доступа водорослей к солнечному свету весьма дорого. Для этого потребовалось бы закрыть водоемы крышей. А вот уменьшить доступ биогенных элементов гораздо дешевле. Для этого требуется подобрать соответствующий эффективный и недорогой сорбент. Это первый путь борьбы с «цветением». Второй путь – подсадка в водоем с учетом его специфики животных, питающихся фитопланктоном и нитчаткой: рыб, ракообразных, моллюсков. Выбор видов и их количество основывается на исследовании водоемов, на определении количественных характеристик воды и илов. Следует иметь в виду, что каждый водоем это своя особенная экосистема, отличная от других по многим показателям. Поэтому необходимо изучать каждый водоем в отдельности и разрабатывать комплекс мероприятий по улучшению его состояния в каждом отдельном случае. Меры эти могут быть сходными, но их количественные характеристики всегда будут отличаться.